2008年，我馆和镇江市水利局、镇江博物馆等单位组成联合考古队在焦山西麓进行了“瘗鹤铭”残石水下打捞考古工作，央视十套“探索·发现”栏目同步拍摄了纪录片《瘗鹤铭》，全国各级媒体竞相报导，触发了新一轮“瘗鹤铭”热。2009年，交通运输部救助打捞局派“勇士号”打捞船赴镇，无偿帮助完成最后几块残石的打捞，成就了“再探瘗鹤铭”终极打捞行动。两次“瘗鹤铭”考古打捞，在海内外受到广泛关注，引起很大反响。